Chip-Seq 测序

Cip-Seq产品

Chip-seq概述

染色质免疫共沉淀技巧( Chromatin immunoprecipitation ChIP)是一种重要的研究蛋白质-DNA 相互作用的技巧。随着新一代测序技巧的发展和成熟,依托高通量测序并整合染色质免疫沉淀技巧,形成了新的技巧,即 ChIP sequencing ChIP-Seq)。重要研究转录因子、组蛋白润饰对基因表达的调控等。包含 ChIP(选做)、文库构建、测序、生物信息分析四部分.

Chip-seq技巧流程

生物信息分析:

样品恳求:


Chip-seq文库
CHIP-ed DNA
m10ug,至少2次文库制备量

Agilent 2100
主峰在300bp-500bp之间

样品保存
DEPC水保存

样品运输
干冰低温运输,请勿重复冻融
组织样品
细胞系
细胞系个体5×107


细胞需进行的预处理: 送样前请接洽销售咨询处理方法。

测序策略


测序策略
推荐数据量
交付周期
Hi-seq PE125
首选,推荐20M/样品 clean data
正常交付周期(工作日)
样品数
0<X<=10 50天
10<X<=50 70天
50<X<=100 90
100<X<=300 110天
Hi-seq PE150
推荐40M/样品 clean data


利用方向:

1)断定DNA链的某一特定地位会涌现何种组蛋白润饰

2)检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上联合位点的精断定位;

3)研究组蛋白共价润饰的关系;

4CTCFCCCTC binding factor研究

案例分享:

 本文用于转录因子联合位点或组蛋白特异性润饰位点的研究,设置对照组和实验组,研究不同条件下转录因子的变更。

不同条件处理下转录因子联合位点上的PolII信号强弱动态变更

参考文献:

  • Wang X, Elling AA, Li X, Li N, Peng Z, He G, Sun H, Qi Y, Liu XS, Deng XW.Genome-wide and organ-specific landscapes of epigenetic modifications and their relationships to mRNA and smRNA transcriptomes in maize. Plant Cell. 2009, 21(4):1053-69.
  • Tian Y, Jia Z, Wang J, Huang Z, Tang J, et al. Global Mapping of H3K4me1 and H3K4me3 Reveals the Chromatin State-Based Cell Type-Specific Gene Regulation in Human Treg Cells. PLoS ONE. 2011, 6(11): e27770.
  • He, H.H., et al., Nucleosome dynamics define transcriptional enhancers. Nat Genet, 2010. 42(4): p. 343-7
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