lncRNA测序

lncRNA测序

lncRNA测序概述

是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs(不含rRNA),广泛存在于各种生物体内。lncRNAs参与表观遗传、转录以及转录后等多程度的调控过程,在生命运动中具有重要作用。利用高通量测序技巧,一次性获得单碱基分辨率的lncRNA序列信息,依托壮大的生物信息分析平台,鉴定已知lncRNA,并预测新的lncRNA及其靶标

基础技巧路线

生物信息分析

样品恳求


Total RNA
总量
总RNA≥5ug,至少2次文库制备量

样品浓度和纯度
样品浓度≥100ng/ul ,OD260/280=1.8-2.0

样品德量
  • 确保RNA完整性,无降解 ,无污染
  • Agilent 2100检测
  • 28S:18S≥1
  • 23S:16S≥1
  • 动物RIN≥7
  • 植物RIN≥6.5

样品保存
DEPC水保存

样品运输
干冰低温运输,请勿重复冻融
组织样品
动物、植物、细菌
总量≥4g新鲜样品 (植物尽量取新鲜幼嫩部位)
采样后立即利用RNAlater处理并液氮速冻,保存于-80℃,干冰运输


测序策略


测序策略
推荐数据量
交付周期
Hiseq PE150
10G-20G
正常交付周期(工作日)
样品数
0<X<=10 50天
10<X<=50 70天
50<X<=100 90天
100<X<=300 110天


参考案例

案例一 LncRNA和异常可变剪切与前列腺癌症的关系

40 对前列腺癌组织及癌旁正常组织样品15 个肿瘤以及 15 个前列腺良性增生(BPH)样品,进行高通量测序研究前列腺癌症与 LncRNA 的关系通过对样本的非编码 RNA 分析,创造了 1599 个已知的 LncRNA;通过肿瘤与正常样本分析,创造了 406 个差别表达的 LncRNA,找到了中国人群特异的融合基因,并鉴定了大批的差别表达 LncRNA,分析显示

LncRNA 有可能有转录调控之外的其他功效。

  • 参考文献:RNA- Seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions, cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicing. Cell Research, 2012.
  • 案例 拟南芥中胁迫响应的lncRNAs 分析
  • 幼苗的光形态建成会受到基因转录及转录后调控,本研究对不同光照条件下拟南芥进行lncRNAs 测序,鉴定得到一个在持续红光照射下能够增进光形态建成的长链非编码RNA,即HID1,并HID1重要通过把持PIF3(光形态建成要害克制因子)行使功效。经实验验证,敲除了HID1,PIF3的表达会明显增长,从而会使得在红光照射下下胚轴的发育。同时,本研究鉴定得到2种重要的HID1,可在红光条件调节拟南芥幼苗下胚轴的生长发育。
  • 参考文献:Arabidopsis noncoding RNA mediates control of photomorphogenesis by red light
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