RAD简化基因组测序

RAD简化基因组测序

RAD概述

RAD Restriction-site Associated DNA, 限制性内切位点相干 DNA)是与限制性核酸内切酶辨认位点相干的 DNA RAD-seq 通过对酶切获得 RAD tag 进行高通量测序,能够降低基因组的复杂度,操作简便,同时不受参考基因组的限制,可快速鉴定出高密度的 SNPs用于遗传图谱构建、群体进化、 QTL 定位,援助 scaffold 组装到染色体等。

技巧流程

RAD建库类型ECORI进行酶切,RAD P1接头连接,Pooling,打断,切胶回收落后行末端修复、3端加ARAD P2接头连接, PCR扩增目标片断,目标片断选择,富集对文库进行上机前质控,最落后行测序

信息分析

样品恳求:


建库
类型
样品类型
检测方法
检测成果
判定
结论


Qubit
AGE


RAD-Seq
基因组DNA
Qubit
AGE
m1ug
C15ng/ul
没有降解或者轻微降解,且无RNA污染
Leval A

0.5ug
<m<=1ug

Leval


测序策略


测序策略
推荐数据量
交付周期
Hiseq PE150
群体:每个个体一般测基因组大小的1-2倍
正常交付周期(工作日)
样品数
50<X<=100 30天
100<X<=300 50天


实际案例:

对124份常见水稻样本进行群体SNP检测,用简化基因组RAD-Seq模式进行建库测序,最终每个样本的平均数据量是0.3G,测序深度0.75X,用信息分析软件对其进行SNP统计,Indel统计,Insert和Delete统计及Circos统计。


Type (alphabetical order)
Count
Percent
DOWNSTREAM
2,441,922
30.528%
EXON
447,770
5.598%
INTERGENIC
1,804,951
22.565%
INTRON
536,741
6.71%
NONE
393
0.005%
SPLICE_SITE_ACCEPTOR
1,522
0.019%
SPLICE_SITE_DONOR
1,378
0.017%
SPLICE_SITE_REGION
17,348
0.217%
TRANSCRIPT
983
0.012%
UPSTREAM
2,626,972
32.842%
UTR_3_PRIME
72,494
0.906%
UTR_5_PRIME
46,357
0.58%


              表1 SNP具体的分类统计

图  从内向外依次代表:圆1,染色体;圆23,基因正负链基因;圆4snp散布,以100K为窗口;圆5indel散布,以100K为窗口

参考文献:

[1]Miller MR, Dunham JP, et al. (2007) Rapid and cost-effective polymorphism identification and

genotyping using rest riction site associated DNA (RAD) markers. Genome Research. 17(2):240-248.[2]Baird, N. A., P. D. Etter, et al. (2008). Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers. PLoS One.3(10): e3376.[3]Hohenlohe, P. A., S. Bassham, et al. (2010).Population genomics of parallel adaptation in threespine stickleback using sequenced RAD tags." PLoS Genetics.6(2): e1000862.

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