宏基因组测序

宏基因组测序

宏基因组测序概述

宏基因组测序是通过对环境样品中的全基因组 DNA 进行高通量测序,获得单个样品的饱和数据量,进行微生物群落结构多样性,微生物群体基因组成及功效,特定环境相干的代谢通路等分析,从而进一步发掘和研究具有利用价值的基因及环境中微生物群落内部、微生物与环境间的相互关系。 构建的环境微生物基因集,可为环境中微生物的研究、开发和利用供给基因资源库

技巧路线

信息分析流程

送样恳求:

测序策略:


测序策略
推荐数据量
交付周期
Hi-seq PE150
5-10G clean data
正常交付周期(工作日)
样品数(X)
0<X<=10 30天
10<X<=50 50天
50<X<=100 70天
100<X<=300 90天


案例分享

宏基因组与PM2.5

2014123日,清华大学朱听课题组利用高通量测序技巧首次在“种”的程度上 分辨出大气悬浮颗粒物中的微生物。

研究创造其中大部分为非致病性微生物,并且有很多可能来自于土壤;他们创造了致敏与致病物种,并且创造它们的相对丰度与污染程度之间呈正相干

参考文献

  • Qin J,et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomics sequencing.Nature.2010, 464(7285):59-65.
  • Qin J,et al. A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes.Nature.2012, 490(7418):55-60.
  • Ke Yu, Tong Zhang. Metagenomic and metatranscriptomic analysis of microbial community structure and gene expression of activated sludge.PLoS One.2012, 7(5):e38183.
  • Zhu L, Wu Q, Dai J, et al. Evidence of cellulose metabolism by the giant panda gut microbiome.PNAS. 2011, 108(43):17714-9
  • Inhalable microorganisms in Beijings PM2.5and PM10 pollutants during a severe smog event.Environ Sci Technol.2014,48(3):1499-507
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