重测序

重测序测序

测序概述

全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的全基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差别性分析的方法。全基因组重测序的个体,通过序列比对,可以找到大批的单核苷酸多态性位点(SNP插入缺失位点(InDelInsertion/Deletion)、结构变异位点(SVStructure Variation)。全基因组重测序已成为各个领域研究遗传学和群体进化领域最为迅速而有效的方法之一。在全基因组程度上扫描并检测与表型差别、疾病、进化等相干的突变位点,具有重大的科研价值和产业价值

实验流程

生物信息分析

体重测序分析流程


群体重测序生物信息分析流程

样品恳求

合作伙伴需供给Qubit、NanoDrop、Gel-Electrophotometric或者Aglient 2100 bioanalyzer中一种或多种情势的样品分析成果


建库类型
样品类型
检测方法
检测成果
判定结论



Qubit
AGE
Nanodrop


小片断文库
DNA
Qubit
AGE
Nanodrop
m2ug
C20ng/ul
没有降解或轻微降解
OD260/230>=1.8
OD260/280>=1.8

Level A

1ug<m<=2ug

Level B


测序策略


测序策略
推荐数据量
交付周期
Hiseq PE150
群体:每个个体一般测基因组大小的5-10倍
个体一般测基因组大小的30-50倍
正常交付周期(工作日)
样品数
0<X<=10 50天
10<X<=50 70天
50<X<=100 90天
100<X<=300 110天


案例

研究某水稻品种的性状,以日本晴水稻为参考基因组,我们对91份水稻全基因组重测序的每个样本的比对情况及笼罩度等做了详细的统计

  • 系统产生树构建
  • 利用PHYLIP软件对91水稻全基因组重测序样本进行了邻接树(NJ树)的构建
  • 91水稻全基因组重测序样本的NJ

    参考文献:

    [1] Xia Q, Guo Y, Zhang Z, et al. Complete Resequencing of 40 Genomes Reveals DomesticationEvents and Genes in Silkworm (Bombyx). Science. 2009 Oct 16;326(5951):433-6. doi: 10.1126.[2] Lam HM, Xu X, Liu X, et al. Resequencing of 31 wild and cultivated soybean genomesidentifies patterns of genetic diversity and selection. Nat Genet. 2010 Dec;42(12):1053-9. doi:10.1038.[3] Zhao S, Zheng P, Dong S, et al. Whole-genome sequencing of giant pandas provides insightsinto demographic history and local adaptation. Nat Genet. 2012 Dec 16;45(1):67-71. doi: 10.1038.[4] Xu X, Liu X, Ge S, et al. Resequencing 50 accessions of cultivated and wild rice yieldsmarkers for identifying agronomically important genes.Nat Biotechnol. 2011 Dec 11;30(1):105-11. doi: 10.1038.

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